BAPAS merupakan salah satu UPT (unit pelaksana teknis) dibidang pembinaan luar  Lembaga Pemasyarakatan yang berada dibawah Direktorat Jenderal Pemasyarakatan Kementerian Hukum dan Ham Republik Indonesia dan bertanggung jawab langsung  kepada Kepala Kantor Wilayah KementerianHukum dan Hak Asasi Manusia.

Sebagai sebuah sub unit pelaksana teknis kerja di bawah Direktorat Jenderal Pemasyarakatan Kementerian Hukum dan Ham Republik Indonesia,

Balai Pemasyarakatan Kelas II Jayapura terbentuk pada tanggal 2 Mei 1987 berdasarkan    Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.02 R.07.03 Tahun 1987 Lahirnya Lembaga baru di lingkungan Pemasyarakatan, yaitu Kantor BISPA (Bimbingan Kemasyarakatan dan Pengentasan Anak sebagai Unit Pelayanan Teknis/ UPT) Pembinaan Luar Lembaga Pemasyarakatan, kemudian kantor Bispa merubah menjadi Balai Bispa yang kemudian nomenklaturnya berubah menjadi Kantor Balai Pemasyarakatan (BAPAS) melalui Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.01.PR.07.03 Tanggal 12 Pebruari 1997

Dasar Hukum

• UU RI No. 12 Tahun 1995 tentang Pemasyaraktan (Pasal 1 (4, 9), Pasal 6 (1, 3)
• UU RI No. 3 Tahun 1997 tentang Pengadilan Anak (Pasal 1 (11) , Pasal 5 (3), Pasal 8 (3), Pasal 34 (1) , Pasal 42 (2) , Pasal 54 (1), Pasal 57 (2), Pasal 62 (5)
• UU RI No. 23 Tahun 2003 tentang Perlindungan Anak (Pasal 59, 64 (1),
  PP No. 31 Tahun 1999 tentang Pembimbingan WBP
• UU RI Nomor 11 Tahun 2012 Sistem Peradilan Pidana Anak